Secondo Plinio il Vecchio, il borgo di Portofino fu fondato dall'Impero romano col nome di Portus Delphini dovuto, forse, per la grande popolazione di questi animali (i delfini) nel Golfo del Tigullio.
Fin dall'epoca longobarda nel territorio operavano i monaci della potente Abbazia di San Colombano di Bobbio; essi in Liguria avevano sede oltre che a Genova anche nel levante, in zona si erano espansi da Pieve Ligure fino a Moneglia, con varie abbazie, monasteri e celle, fra le quali quella di Comorga nei pressi di Carasco e di San Fruttuoso di Capodimonte.
Il villaggio è citato in un diploma del 986 di Adelaide del Sacro Romano Impero, moglie di Lotario II d'Italia, nella quale veniva ufficializzata la donazione del villaggio alla vicina abbazia colombaniana di San Fruttuoso di Capodimonte (ora nel territorio comunale di Camogli). Un documento degli annali di Bernardo Marangone, del 1072, attesta il fallimentare assalto della flotta navale di Pisa, atto contrastato vittoriosamente dagli stessi abitanti portofinesi.
Nel 1175 il piccolo borgo marinaro fu sottoposto al controllo amministrativo, assieme all'attigua Santa Margherita Ligure, della giurisdizione della podesteria di Rapallo che acquistò i diritti sul borgo per 70 lire genovesi per conto dei Consoli di Rapallo.
A partire dal 1229 diverrà parte integrante della Repubblica di Genova, così come l'intero territorio rapallese, divenendo quasi rifugio della marina mercantile genovese grazie al suo porto naturale.
Nel 1409 fu venduto a Firenze dall'imperatore Carlo VI di Francia, scacciato poi da Genova, ma gli stessi fiorentini lo restituirono poco dopo.
Durante il XV secolo subì diversi passaggi di amministrazione delle più potenti famiglie feudali del tempo; nel 1425 divenne possedimento della famiglia Campofregoso - nella persona specifica di Tomaso di Campofregoso, già doge della Repubblica di Genova dal 1415 al 1421 e signore di Sarzana - infeudando il borgo per cinqune anni. Dal 1430 furono gli Spinola i signori del feudo, alla guida di Francesco Spinola, ottenendo il governo del paese per ben quindici anni. Nel 1445 Portofino verrà sottratto agli Spinola da Giovanni Antonio Fieschi, secondo gli storici per puro atto dimostrativo poiché fu lo stesso Fieschi a riconsegnare in tempi brevi il borgo ai genovesi.
Sarà ancora un discendente della famiglia Campofregoso, Pietro, ad ottenere dal 1459 un breve periodo di governo del paese.
L'alleanza politica e soprattutto militare tra gli Adorno e i Fieschi con il duca di Milano Francesco Sforza porteranno, nel 1513, ad un vero e proprio assedio del borgo. Prontamente la repubblica genovese con un contingente di circa 4.000 unità riuscirà a riportare la supremazia genovese in paese sconfiggendo, tra l'altro, gli uomini dell'ammiraglio Andrea Doria corsi in aiuto via mare al castellano Filippino Fieschi.
Dopo la congiura dei Fieschi del 1547 il territorio fu preso da Andrea Doria. Dal 1608 verrà inserito nei territori del Capitaneato di Rapallo.
Nel 1815 verrà inglobato nel Regno di Sardegna, così come stabilirà il Congresso di Vienna del 1814 anche per gli altri comuni della Repubblica Ligure, e successivamente nel Regno d'Italia dal 1861. Durante la seconda guerra mondiale nella vicina località detta "Olivetta" furono fucilati, nella notte del 2 e 3 dicembre del 1944, venti partigiani dai soldati fascisti, comandati da Siegfried Engel; tale evento è ricordato dagli storici come L'eccidio dell'Olivetta.
Risalente al XII secolo e ricostruita interamente dopo il bombardamento nella seconda guerra mondiale.
Presso il borgo più antico di Portofino.
Sede della confraternita omonima, fu fondata dalla stessa comunità dei Disciplinanti nel XIV secolo. Nel corso del XV secolo subì diverse modifiche strutturali che ne modificarono ampiamente l'aspetto originario trecentesco.
Del XVI secolo.
La stazione ferroviaria più vicina è Santa Margherita Ligure.
Il casello autostradale più comodo è Rapallo sulla A12 (E80) Genova - Livorno - Rosignano o Autostrada Azzurra.
La ATP assicura i collegamenti verso la provincia di Genova.
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