La scoperta di un'urna cineraria del III secolo con un'iscrizione latina (oggi conservata nella basilica di Santa Margherita) ha avvalorato l'ipotesi, tuttavia non dimostrata ufficialmente, di un insediamento in epoca romana. Devastato dai Rotari nel 641, il borgo originario, abitato soprattutto da pescatori e denominato proprio Pescino, subì sino al X secolo numerose incursioni saracene. Nello stesso periodo vi operavano i monaci di San Colombano venuti dalla potente Abbazia di San Colombano di Bobbio e che fondarono anche l'Abbazia di San Fruttuoso di Camogli.
Successivamente divenne feudo della famiglia Fieschi, sino al 1229, quando venne sottomesso alla Repubblica di Genova e inglobato nella podesteria di Rapallo.
Dal Medioevo in poi risulta che l'abitato era diviso in due borgate principali, Pescino e Corte, spesso divise da vivacissime lotte. Per un periodo di tempo Pescino risultò essere un quartiere della stessa Corte, come testimoniato dagli arazzi nei Musei Vaticani che raffigurano la geografia italiana. Nel 1432 subì l'attacco ed il saccheggio della flotta navale della Repubblica di Venezia e nel 1549 quello del pirata Dragut come la vicina Rapallo.
Il 18 luglio del 1798[2] il territorio fu diviso in due cantoni: il Cantone di Santa Margherita dove furono sottoposte le due municipalità semplici di San Siro e San Lorenzo della Costa e il Cantone di San Giacomo con le municipalità semplici di Nozarego e Portofino; entrambi furono inserite nella giurisdizione del Golfo Tigullio gestito dal direttorio rapallese. I rapporti tra le due borgate, ben distinte politicamente e religiosamente, e i loro abitanti, i Margheritini e i Giacomini, s'incrinarono più volte con aspri confronti tra le parti.
Il 5 aprile del 1799 per ordinanza furono soppresse le municipalità semplici di San Siro, San Lorenzo, Nozarego e Portofino incorporando tali centri nelle due nuove municipalità di Santa Margherita e San Giacomo. Ancora una volta non vi fu una convivenza pacifica causando così lotte intestine fino al 27 aprile del 1800 quando fu steso, assieme, un documento dove i Margheritini e i Giacomini s'impegnarono per risaldare i rapporti.
Sarà Napoleone Bonaparte, in contemporanea con la dominazione francese nei territori dell'ex Repubblica di Genova, che il 22 dicembre del 1812 unì con un apposito decreto imperiale le due municipalità nell'unico Comune di Porto Napoleone. Tale denominazione durò per pochi anni poiché alla caduta di Napoleone il Governo Provvisorio della Repubblica Ligure sancì, il 16 aprile 1814, l'affidamento di tutti i comuni liguri ad amministrazioni provvisorie.
Secondo alcune fonti storiche la comunità di San Giacomo tentò nel 1817 una nuova divisione dei territori, ma l'operazione non ebbe esito positivo; il Regno di Sardegna, alla quale la Liguria fu annessa, nel 1818 riunì le due comunità nel solo Comune di Santa Margherita di Rapallo affidando il potere amministrativo ad un Consiglio degli Anziani guidato da Gerolamo Costaguta.
Diverrà a partire dal 1861 territorio del Regno d'Italia e assunse l'attuale nome definitivo nel 1863 con un apposito Decreto Reale di Vittorio Emanuele II di Savoia.
La città ottenne due stazioni della nascente linea ferroviaria tirrenica Ventimiglia-Roma: con l'avvento di strada carrozzabile per Portofino e ferrovia a Santa Margherita, iniziò il periodo d'oro della Costa dei Delfini, che vide la costruzione di favolose ville e grandiosi alberghi. Ad oggi la stazione minore, quella di San Lorenzo della Costa, è inattiva.
Dopo la Seconda guerra mondiale Santa Margherita, Portofino e il borgo di Paraggi diventarono sempre più rinomate località turistiche esclusive.
La costruzione del Santuario di Nostra Signora della Rosa, già antica basilica, fu iniziata nel 1658 sui resti di una chiesa del XIII secolo, il campanile è del 1750 e alla stessa epoca risale la facciata. La chiesa è caratterizzata da una pianta a croce latina, una cupola e tre navate divise da colonne. Nella facciata si trovano delle nicchie con statue di san Pietro e san Paolo. Il campanile sul lato sinistro è del 1927.
Il complesso dell'abbazia della Cervara, che sorge tra una densa e ricca vegetazione appena sopra la strada che costeggia la Costa dei Delfini tra Santa Margherita e Portofino, si compone di chiesa, monastero ed ampio parco con giardino. Nel 1912 è stato dichiarato monumento nazionale italiano.
Sito nel quartiere storico di Corte il santuario di Nostra Signora della Lettera, già chiesa parrocchiale dedicata a Giacomo il Maggiore, fu sottoposto anticamente sotto la giurisdizione dell'abate colombaniano dell'abbazia di San Fruttuoso di Camogli; tale proprietà fu stabilita da papa Innocenzo II nel 1130 e confermata dal pontefice Alessandro III nel 1164.
Così come San Giacomo di Corte anche la chiesa parrocchiale di Nozarego, dedicata a santa Maria Assunta, fu sottoposta anticamente all'abbazia colombaniana di San Fruttuoso. Seguì pertanto le stesse vicende storiche-religiose della comunità di Corte. Eletta a prevostura nel 1919 assunse l'intitolazione a santuario di Nostra Signora del Carmine dal 1 novembre del 1947.
Eretta nel quartiere omonimo e ristrutturata nel 1888 presenta una struttura a tre navate. All'interno sono conservate una statua lignea dello sculture Anton Maria Maragliano raffigurante la Vergine Maria nella cappella a sinistra della navata maggiore e una tela di Valerio Castello ritraente i Santi Sebastiano, Lorenzo e Rocco.
Sita nei pressi del lungomare sammargheritese fu edificata nel 1608 assieme all'adiacente convento dei frati cappuccini. Al suo interno è presente un crocifisso in legno del XV secolo e una scultura in marmo, di scuola provenzale del XIII secolo, raffigurante la Madonna in trono.
Sito nel borgo storico di Pescino è una costruzione in stile barocco del XIV secolo. Al suo interno è conservato un organo dei Fratelli Roccatagliata.
La struttura fu edificata nel corso del 1523 nelle vicinanze dell'odierno municipio; l'ultima ristrutturazione risale alla fine dell'Ottocento quando fu rifatta interamente la facciata.
Del Seicento e ristrutturato verso la fine del XIX secolo.
All'interno di Villa Durazzo è possibile visitare il Museo Artistico "Vittorio Giovanni Rossi", dedicato appunto al noto scrittore e giornalista sammargheritese, gli appartamenti del Principe e la raccolta Bellometti. Sono presenti dipinti, affreschi e trompe-l'oeil della scuola pittorica genovese del Seicento e del Settecento quali opere di Domenico Piola, Giovanni Andrea De Ferrari, Luciano Borzone e Gio Enrico Vaymer. All'interno di Villa Durazzo è possibile visitare il Museo Artistico "Vittorio Giovanni Rossi", dedicato appunto al noto scrittore e giornalista sammargheritese, gli appartamenti del Principe e la raccolta Bellometti.
Costruito per volere del Senato della Repubblica di Genova è opera di Antonio de Càrabo e l'inizio dei lavori per la sua edificazione si avviò nel 1550. Il castello si affaccia su un ampio parco seicentesco, nel quale si trova un interessante giardino all'italiana con sentieri in tipico ciottolato ligure detto risseu.
La costruzione nei pressi dell'insenatura omonima, nota località balneare tra Santa Margherita Ligure e Portofino, fu decisa nel 1626 per una maggiore difesa del territorio e della costa lungo il promontorio portofinese. Il castello fu occupato dalle truppe francesi di Napoleone Bonaparte tra il 1812 e il 1814. Oggi la struttura è adibita ad abitazione privata.
La stazione ferroviaria collega la città a Genova e al resto d'Italia.
La città è servita dal casello autostradale sulla A12 (E80) Genova - Livorno - Rosignano o Autostrada Azzurra.
La ATP assicura i collegamenti verso la provincia di Genova.
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